共聚焦显微镜中的图像是来自一个焦平面的光通过针孔数码相机聚焦拍摄,从而规避 来自其支点上方或下方的光。固定在设备上的激光连续聚焦在样品的选定区域,同时,被样品吸附的荧光染料也会被数码相机捕捉。共聚焦设备包含两个旋转镜头用来拍摄组图。
然后通过所累积的不同焦平面的图像序列,使用软件编译完整的 3d 图像。此图像可以在轴向(z 轴)和横向(x 和 y 轴)平面进行微调。这些细胞和其他矩阵的再现是通过使用双倒置的光锥照亮物体来实现的。
使用标准落射荧光显微镜所存在的问题是当遇到较厚的基质或标本时所表现出的荧光程度较大。大于 2 微米的样品发出的辐射会危及生成图像的准确性,从而损失成像的细节。而共聚焦显微镜则可以通过缩小激发范围并使用光学切片来消除背景噪声。